Centre de synthèse et
d'analyse sur la biodiversité

Un centre créé et développé par la FRB

Présenté par: Prof. Bill Michener, des Etats Unis

Michener photo

Chercheur principal DataONE, directeur de projet pour la National Science Foundation (Nouveau-Mexique) et le US Département de l'Énergie EPSCoR (programme expérimental visant à stimuler la recherche concurrentielle)

Quand? 9h – 12h 8 mars 2017

Ou? Amphithéatre de la Délégation Régionale 13 du CNRS

1919 route de Mende | Montpellier

Sponsorisé par: le CESAB et CEFE (CNRS)

Pour plus d'informations télécharger le flyer Affiche_Seminaire_BM.pdf 

CESAB et ECOSCOPE – accueille le premier atelier Data Carpentry en France ! 

data workflow NM en med wleaf web

Un atelier "analyse des données" fait par les écologues pour les écologues pour mieux travailler avec vos données!


SEULEMENT
24 places sont disponibles! Réservez vite !


...au 20 Rue Berbier du Mets, 75013 PARIS.

Ces deux jours d'atelier intensifs vous formeront à des concepts et des outils vous permettant de travailler plus efficacement avec les données. Data Carpentry s'attache à transmettre aux chercheurs, de façon simple et compréhensible, les compétences qui leur permettront d'agréger, visualiser, manipuler, analyser et gérer leurs données et celles provenant d'autres sources, pour, in fine, en extraire des éléments de connaissance. Ces ateliers ont connu un grand succès à travers le monde (États-Unis, Australie, Royaume-Uni…). Nous sommes heureux de les organiser en France !

La méthode Data carpentry, c'est :

  • Un modèle d'enseignement conçu par les pairs : les formateurs sont des chercheurs en écologies
  • Des outils (R, OpenRefine, SQL etc) enseignés de façon pratiques avec des jeux de données mis à disposition des participants suivant le cycle de vie des données, depuis la conception d'une étufe jusqu'a l'analyse des données
  • Des cours à la portée de tous ne demandant pas de connaissances techniques préalables
  • Des documents en ligne, ouverts à tous afin que les participants puissent continuer d'étudier en dehors des ateliers
  • Une communauté internationale de chercheurs, post-docs et doctorants du monde entier


À la fin
de l
'atelier les participants devraient être en mesure de gérer plus efficacement et analyser les données et être en mesure d'appliquer les outils et approches directement à leurs travaux de recherche en cours.

Pour qui ?
L’atelier Data Carpentry s’adresse aux chercheurs et aux étudiants de cycle supérieur qui ont des données et qui souhaitent les analyser. Aucune connaissance préalable n’est requise, mais notez que la langue de l'atelier sera l'anglais.

Que faut-il apporter ?

Les participants doivent apporter un ordinateur portable fonctionnant sous Mac, Linux, ou Windows (pas une tablette, Chromebook, etc.) pour lesquels ils ont les droits "administrateur". Des informations complémentaires seront fournies pour l'installation de logiciels spécifiques.
 

Cliquez ici pour vous inscrire


Si vous avez des questions, contactez l'équipe FRB_data carpentry

Des systèmes d'exploitation informatique à la biodiversité : co-émergence de modèles écologiques et évolutifs

En avril de cette année un atelier postdoc incluant des membres des deux centres de synthèse en europe, SDIV et CESAB, s’est réuni au CESAB. Un sous-groupe réuni autour d'un défi fascinant mis en avant par Petr Keil : les systèmes d'exploitation informatiques (dans ce cas Linux)  pourraient être un outil utile pour aider à expliquer les tendances temporelles et spatiales de la biodiversité (et peut-être même réciproquement).

Avec des données qualitatives les choses fonctionnaient bien, mais le véritable test était de savoir si cela fonctionnerait tout aussi bien avec les données quantitatives. Et cela a vraiment marché, avec des résultats intéressants. Ils viennent de soumettre un article que vous pouvez voir sur Peer Pre-prints.

N'hésitez pas à jeter un oeil dessus et à le commenter ! Vos commentaires l'amélioreront et accéléreront ainsi sa publication.

Keil P, Bennett JM, Burgeois B, García-Peña GE, MacDonald AM, Meyer C, Ramirez KS, Yguel B. (2016) From computer operating systems to biodiversity: co-emergence of ecological and evolutionary patterns. PeerJ Preprints 4:e2367v1 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.2367v1

Le groupe du CESAB, ACTIAS, a reçu une importante subvention de l'ANR pour le projet SPHINX intitulé Comprendre et prédire l'adaptation des espèces aux changements environnementaux chez les insectes

Les objectifs sont les suivants:


(i) construire une phylogénie et conduire la première analyse de diversification quasi-exhaustive d'un groupe diversifié d'insectes à une échelle globale et intégrant le rôle de facteurs biotiques (ex. capacité de dispersion, diversité des plantes-hôtes) et abiotiques (ex. changements climatiques et géologiques);

(ii) analyser les dynamiques de l'évolution des niches écologiques et de développer des modèles macro-évolutifs combinant des variables phylogénétiques, biogéographiques et écologiques; et

(iii) tester de manière expérimentale la capacité de ces modèles à prédire les réponses des espèces aux changements environnementaux, en analysant des communautés de ces insectes dans des habitats naturels subissant des degrés différents d’impact anthropique, sur trois continents.

« Ce soutien de l’ANR étend considérablement la portée des résultats du projet en cours ACTIAS,
et vice versa" souligne le porteur du projet Rodolphe Rougerie du Museum National d'Histoires Naturelles.

La Fondation pour la Recherche sur La Biodiversité (FRB) lance l’appel à projets de recherche 2015 de son CEntre de Synthèse et d'Analyse sur la Biodiversité (CESAB).

Nous vous invitons à profiter de cette opportunité.

Depuis 2010, l’objectif du CESAB est de soutenir des projets de recherche sur la biodiversité qui valorisent des données déjà existantes. Le CESAB fournit à des groupes d’experts les moyens et infrastructures nécessaires qui leur permettent de mettre en commun des jeux de données et de conduire des réflexions poussées autour de nouveaux concepts, afin de répondre à des questions de recherche cruciales sur tous les aspects de la biodiversité. Il finance directement ou avec des partenaires des groupes d’experts pour des projets dont la durée est généralement de trois ans.

Le CESAB participe au développement de la recherche sur la biodiversité dans des domaines aussi variés que la conservation de la biodiversité, l’usage et la gestion de la biodiversité, l’analyse des fonctions écologiques et des services écosystémiques que l’Homme retire de la biodiversité, les dimensions évolutives de la biodiversité, les relations biodiversité-activités socio-économiques. Consultez le site web du CESAB pour plus d’informations.

La date limite pour la soumission des pré-propositions est fixée au 20 novembre 2015.

Les projets complets doivent être soumis le 1er février 2016 au plus tard

Texte de l'appel à projet et modalités de soumission 

Résultats de l'appel à projet 2014 


Pour plus d'information : cesab@fondationbiodiversite.fr




Le jeudi 6 août à 13h30 se tiendra au Congrès ICCB-ECCB la session (en anglais)
BIODIVERSITY AND INFECTIOUS DISEASES: A ROLE FOR CONSERVATION BIOLOGY.
Elle est organisée par Benjamin Roche (BIODIS), avec le soutien du CESAB.


Ce rendez-vous scientifique mondial de la biologie de la conservation est co-organisé par la FRB et Agropolis international. Il se tiendra à Montpellier du 2 au 6 août 2015 au Corum, Esplanade Charles De Gaulle, 34000 Montpellier.


Plus d'information : Site web / Programme du congrès (en anglais)

Le 6 novembre 2014, la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB) et le MEDDE, en partenariat avec l'Institut Océanographique, ont organisé une rencontre entre experts scientifiques sur les enjeux autour du changement climatique et de la biodiversité. A cette occasion nous avons interviewé cinq experts qui participent aux travaux de la plateforme intergouvernementale sur le climat (GIEC) et à ceux de la plateforme sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES).

La première partie de la vidéo est consacrée aux interactions entre le climat et la biodiversité et présente trois exemples : La Morue en Mer du Nord, les pollinisateurs et l'acidification des océans. La question de l'adaptation des organismes face aux changements climatiques est abordée. La deuxième partie de la vidéo présente les plateformes intergouvernementales et comment la recherche est nécessaire pour aider la prise de décision en réponse à ces changements.

Voir la vidéo

Participation du CESAB à la réunion internationales
des centres de synthèse

Leipzig, du 26 au 30 janvier

La première réunion de ce type a eu lieu fin 2013, au CESAB. Les représentants de la plupart des centres de synthèse étaient présent. L’objectif de cette réunion était de mieux se connaitre, de partager les bonnes pratiques et de discuter autour de problèmes communs pour trouver des solutions partagées. Ce réseau s’organise sous la forme d’un consortium international des centres de synthèse (http://synthesis-consortium.org) et travaille sur la rédaction d’un deuxième papier commun. Un compte rendu plus complet de cette réunion est en cours.

 

Doyle McKey, porteur du projet CESAB 2010 NETSEED, professeur à l’université de Montpellier (recherche sur les forêts tropicales, interactions bioculturelles) reçoit le Grand Prix SFE 2014 !

Et Josselin Cornuault, post-doc du projet CESAB ISLANDS, reçoit le Prix jeune chercheur !

En savoir +

LES PARTICIPANTS À LA FORMATION
« ANALYSE DES PISTES EN ÉCOLOGIE »

Gpe AnalysePistes-CEFE Fev2015

Participants à la formation « Analyse des pistes en écologie » ayant actuellement lieu au CEFE du 2 au 6 février 2015.

En haut (de gauche à droite): Marjorie Bison, Amandine Erktan, Pauline Bristiel, Anne Charmantier, Virginie Demeyrier, Timo Brockmeyer, Bill Shipley, Alexandru Milcu, Catherine Picon-Cochard, Julie Messier, Frédérique Louault. En bas (de gauche à droite) : Cyrille Violle, Gregoire Freschet, Florence Volaire, Laurent Berges.