Centre de synthèse et
d'analyse sur la biodiversité

Un centre créé et développé par la FRB
La réutilisation des données existantes est essentielle pour le travail du / au CESAB. Pour ce faire, les données doivent être assemblées, organisées, marquées, synthétisées et analysées. Cela permet aux équipes de scientifiques d'obtenir de nouvelles connaissances à partir de données qui ont souvent été sous-utilisées et non-corrélées à travers les frontières disciplinaires, géographiques et organisationnelles. 

Pour ce faire, les groupes ont besoin de construire des bases de données organisées des données typiquement hétérogènes qu’ils rassemblent. Puis systématiquement enregistrer les sources de leurs données, les termes des documents utilisés et enregistrer la gestion et le traitement des données par leurs propres soins. Pour aider les groupes à cela, nous demandons qu'ils complètent un plan de gestion des données «live» donc non seulement leurs plans, mais aussi leur pratiques sont enregistrées.

les données de CESAB

Après que leurs analyses soient terminées, nous demandons que leurs données soient déposées pour la réutilisation par d'autres: à l'heure actuelle (2016) le seuil pour cela sont les métadonnées de leurs ensembles de données compilées, mais de plus en plus ce sera la donnée elle-même (avec les métadonnées essentielles). Ce sont des objectifs à long terme, mais sont conformes à la pratique dans le monde entier.

Dans ce monde de données ouvertes, les experts disciplinaires ont de plus en plus le devoir de publier leurs données. Cela nécessite l'apprentissage de nouvelles compétences dans la discipline de la gestion de données et de l'organisation autour de laquelle les programmeurs et les écologistes communiquent rarement, un obstacle majeur dans le monde des données numériques. 

C’est là où le centre de synthèse entre en jeu : fournir l'expertise informatique nécessaire de façon à répondre aux exigences variées et la sophistication des groupes. La contribution importante des personnels des centres de synthèse dans le monde entier est de réfléchir et de développer les différents aspects de la gestion des données est une illustration de cet engagement (e.g. Jones et al. 2006, Bowers et al. 2010, Vision and Cranston 2014, Specht et al. 2015).

Un vocabulaire uniforme et contrôlé est nécessaire pour permettre la publication sur le Web et l' « automated discovery ». Cela a mené au soutient et au développement du CESAB Thesauform pour faciliter l’assimilation de la terminologie et des définitions utilisées par les écologistes dans la description de leurs observations écologiques.

Données livrées par le CESAB
 
BETSI  (Biologie et traits fonctionnels écologiques des invertébrés du sol pour relier les assemblages d'espèces à des facteurs environnementaux), dont la base de données peut être consultée ICI.

Leurs objectifs principaux étaient les suivants:

    • Promouvoir l'utilisation d'approches fondées sur les « traits» dans l’écologie des « invertébrés du sol »
    • Donner une structure de référence pour archiver les données des traits des invertébrés du sol. 

Ceci est représenté spatialement, entre autres, par l’occurrence des espèces.

 

Pey B., Laporte M.-A., Nahmani J., Auclerc A., Capowiez Y., Caro G., Cluzeau D., Cortet J., Decaëns T., Dubs F., Joimel S., Guernion M., Grumiaux F., Laporte B., Pasquet A., Pelosi C., Pernin C., Ponge J.-F., Salmon S., Santorufo L., Hedde M. (2014) A thesaurus for soil invertebrate trait-based approaches. PLoS One 9(10): e108985 <doi: 10.1371/journal.pone.0108985>

RAINBIO  (Dynamique de la forêt tropicale africaine : implications pour la conservation de la biodiversité tropicale), dont la base de données peut être consultée ICI.

La méga base de données RAINBIO contient des occurrences géoréférencées de haute qualité de plantes vasculaires de l'Afrique subsaharienne tropicale. Il s'agit d'une compilation de treize ensembles de données publics et non publics mis à disposition dans le cadre du projet RAINBIO financé par le CESAB.

Elle contient 610 117 occurrences géoréférencées pour 25 356 espèces de plantes vasculaires et 29 659 taxons (y compris sous-espèces et variétés), 3 158 genres et 273 familles.

 

Dauby G., Zaiss R., Blach-Overgaard A., Catarino L., Damen T., Deblauwe V., Dessein S., Dransfield J., Droissart V.,Duarte M.C., Engledow H., Fadeur G., Figueira, Gereau R.E., Hardy O.J., Harris D.J., de Heij J., Janssens S., Klomberg Y., Ley A.C., Makinder B.A., Meerts P., van de Poel J.L., Sonké B., Sosef M.S.M., Stévart T., Stoffelen P., Svenning J.-C.,  Sepulchre P., van der Burgt, Wieringa J.J., Couvreur T.L.P. (2016) RAINBIO: a mega-database of tropical African vascular plants distributions. PhytoKeys 74: 1-18 <doi: 10.3897/phytokeys.@.9723>

 

IRBAS (Analyse et synthèse de la biodiversité des rivières intermittentes), dont la base de données peut être consultée à l’adresse : http://irbas.cesab.org/irbas

En utilisant une équipe de scientifiques internationaux, compétents et productifs, le projet IRBAS a:

        compilé, synthétisé et analysé des données sur la biodiversité et l'habitat intermittent des rivières; et

        fournit et gère une base de données ouverte sur la biodiversité des rivières intermittentes

 

La base de données IRBAS intègre et fournit un accès gratuit aux données recueillies (et soumises), contribuant à la base de connaissances croissante et mondiale sur ces systèmes fluviaux omniprésents et importants. L'interface Web de la base de données IRBAS sert de portail de données et d'outil de découverte de données, facilitant la synthèse et l'analyse de données afin d'élucider les modèles de la biodiversité fluviale intermittente.

 

Leigh C., Laporte B., Bonada N., Fritz K., Pella H., Sauquet E., Tockner K., Datry T. (2016) IRBAS: an online database to collate, analyze, and synthesize data on the biodiversity and ecology of intermittent rivers worldwide.  Ecology and Evolution 7: 815-823 <doi:10.1002/ece3.2679.>


Les références
 
Bowers S., Madin J.S., Schildhauer M.P. (2010) Owlifier: creating OWL-DL ontologies from simple spreadsheet-based knowledge. Ecological Informatics 5(1): 19-25.
Jones M.B., Schildauer M.P., Reichman O.J., Bowers, S. (2006) The new bioinformatics: integrating ecological data from the gene to the biosphere. Ann. Rev. Ecol. Evol. Sys. 37: 519-44.
Specht A., Guru S.M., Houghton L., Keniger L., Driver P., Ritchie E.G., Lai K., Treloar A. (2015) Data management challenges in analysis and synthesis in the ecosystem sciences. Science of the Total Environment 534:144-158.
Vision T.J., Cranston K. (2014) Open data for evolutionary synthesis: an introduction to the NESCENT collection. Scientific Data 1:140030.